분석할 입자나 세포들은 작고 일정 감지지역을 신속하게 지나가기 때문에 빛에는 강한 강도가 있어야 하고 형광염색소(Fluorescent dye)를 자극(Excitation)시키기 위한 특정한 파장(Wavelength)을 가져야 한다. 공초점 현미경에서 이용되는 에너지원은 주로 Laser이다.

각각의 입자나 세포를 신속하게 측정하여 한 세포가 갖는 여러 특징 (세포의 크기, 세포 내부 조성정도, 세포 기능 인지 등)을 관찰할 수 있다. 일반적인 현미경의 배율보다 높은 배율을 지니고 있기 때문에 한 개의 세포에서 발생하는 현상을 관찰할 수 있으며, 또한 실시간 변화를 관찰할 수 있다.