FAB의 이온화는 고속원자가 시료 matrix와 충돌하여 matrix에 생성된 양이온이 운동량에 의해 분석물질에 전하를 전달하여 이온화하는 원리이다.
다른 이온화 장치보다 넓은 mass range를 가지며 비휘발성 유기물질과 일반적인 화합물의 분자 정보를 알 수 있다. Soft ionization으로 fragment ion이 적어 빠르게 분자 이온의 정보를 쉽게 확인할 수 있다.