분석할 입자나 세포들은 작고 일정 감지지역을 신속하게 지나가기 때문에 빛에는 강한 강도가 있어야 하고 형광염색소(Fluorescent dye)를 자극(Excitation)시키기 위한 특정한 파장(Wavelength)을 가져야 한다. 유세포분석기에서 이용되는 에너지원은 주로 Laser이다.

각각의 입자나 세포를 신속하게 측정하여 한 세포가 갖는 여러 특징 (세포의 크기, 세포 내부 조성정도, 세포기능 인지등)을 동시에 측정하고 경우에 따라 특정한 세포들만을 선택하여 분리(sorting)할 수 있는 장비이다.